Lịch sử hình thành
Huyện Cờ Đỏ được thành lập theo tinh thần Nghị định 05/2004/NĐ-CP ngày 02 tháng 01 năm 2004 của Chính phủ trên cơ sở chia tách từ huyện Ô Môn của tỉnh Cần Thơ. Khi mới thành lập huyện có 02 thị trấn, 12 xã gồm thị trấn Cờ Đỏ, thị trấn Thới Lai và các xã Định Môn, Trường Thành, Thới Thạnh, Trường Xuân, Trường Xuân A, Thới Lai, Xuân Thắng, Đông Hiệp, Thới Đông, Thới Hưng với dân số hơn 180.000 người. Trung tâm huyện đặt tại thị trấn Thới Lai.
Tháng 03 năm2009, thực hiện Nghị định số 12/2008/NĐ-CP ngày 23 tháng 12 năm 2008 của Chính phủ, huyện Cờ Đỏ tiếp tục được điều chỉnh địa giới hành chính để thành lập huyện Thới Lai, thuộc thành phố Cần Thơ. Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, huyện Cờ Đỏ mới gồm các xã của huyện Cờ Đỏ cũ như Đông Hiệp, Thới Đông, Thới Hưng và thị trấn Cờ Đỏ; thành lập mới xã Đông Thắng trên cơ sở chia tách xã Đông Hiệp, xã Thới Xuân trên cơ sở chia tách xã Thới Đông; tiếp nhận bàn giao xã Thạnh Phú,Trung Hưng từ huyện Vĩnh Thạnh, xã Trung An, Trung Thạnh từ huyện Thốt Nốt.Trung tâm huyện được đặt tại thị trấn Cờ Đỏ.